Insight into the mechanism of chemical modification of antibacterial agents by antibiotic resistance enzyme <i>O</i>‐phosphotransferase‐IIIA
Notice bibliographique
Résumé
In the present work, the mechanism of resistance to aminoglycoside antibiotics was investigated. We examined the conformational changes of the O-phosphotransferase-IIIa enzyme, complexed with the antibiotics using MD simulations. The inhibitory effects of a group of antibacterial peptides against the enzyme were also examined, among which CP10A showed the highest affinity and the results correlated with the measured IC50 values. The regioselectivity of the phosphorylation reaction was shown to be in favor of the OH at the 5″ position versus the 3' of the antibiotic. The binding mode of CP10A was evaluated by means of MD simulation that resulted in recognizing its Trp8 and Arg13 residues binding near to where residues at the 3' and 5″ positions of the antibiotic would bind; thus, they are essential for the peptide inhibitory effect. The major open, semi-open, and closed conformations of the binding sites were identified throughout the MD trajectory, which enable the enzyme to regulate the influx of molecules into these sites. Based on the enzyme crystal structure, it was assumed that the 'antibiotic loop' of the enzyme is stable in its liganded mode; however, MD results revealed that the loop is highly flexible in both liganded and ligand-free modes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».