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Enregistrement W2498118351 · doi:10.1139/cjc-2015-0450

Interaction between 2-(<i>p</i>-toluidino)-6-naphthalenesulfonic acid sodium salt (TNS) and β-lactoglobulin

2016· article· en· W2498118351 sur OpenAlexvenueno aff
Huiqing Li, Jing Wei, Youming Dong, Yu Zhiyue

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Chemistry · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Interaction Studies and Fluorescence Analysis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNatural Science Foundation of Shanxi Province
Mots-clésChemistryLigand (biochemistry)AutoDockBinding constantHydrophobic effectNitrilotriacetic acidMethylamineDodecylbenzeneCrystallographySodiumSulfonateBinding siteStereochemistryInorganic chemistryOrganic chemistryChelationBiochemistryReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The major bovine milk protein β-lactoglobulin (β-LG), a member of the lipocalin superfamily, can bind a wide range of ligands and act as a transporter. In the present study, the combination of the hydrophobic molecule 2-(p-toluidino)-6-naphthalenesulfonic acid sodium salt (TNS) with β-LG was analyzed using fluorescence spectroscopy and AutoDock modeling to discern the major binding sites of the protein and to determine the capacity of other small ligands to bind with β-LG by utilizing TNS as a reference. The experimental data indicate that in a neutral pH environment, TNS is located in the hydrophobic domain of the protein, 2.5 nm away from the Trp19 residues of β-LG. The binding constant of the small molecule to β-LG is (3.30 ± 0.32) × 10 6 (mol L –1 ) −1 . An interaction model between the ligand and β-LG was developed, and AutoDock modeling also demonstrates that the ligand is located in the central hydrophobic calyx of β-LG within the regions covered by the Förster radius of the Trp19–ligand pair. Although the interaction between the ligand and β-LG is affected by increasing ion strength, pH change, and heat treatment, the complex is maintained until the secondary structure of β-LG is destroyed. Additionally, the ligand binding stabilizes the folding of β-LG. The binding constants of sodium dodecyl sulfate (SDS) and sodium dodecylbenzene sulfonate (SDBS) to β-LG were obtained using competitive ligand binding measurements. With a sensitive fluorescence signal and stable complex, the ligand could be utilized as a reference to detect the binding of other small ligands to β-LG.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,072
Score d'incertitude au seuil0,449

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,239
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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