Comparative evaluation of the genomes of three common <i>Drosophila</i> -associated bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Drosophila melanogaster is an excellent model to explore the molecular exchanges that occur between an animal intestine and associated microbes. Previous studies in Drosophila uncovered a sophisticated web of host responses to intestinal bacteria. The outcomes of these responses define critical events in the host, such as the establishment of immune responses, access to nutrients, and the rate of larval development. Despite our steady march towards illuminating the host machinery that responds to bacterial presence in the gut, there are significant gaps in our understanding of the microbial products that influence bacterial association with a fly host. We sequenced and characterized the genomes of three common Drosophila-associated microbes: Lactobacillus plantarum, Lactobacillus brevis and Acetobacter pasteurianus For each species, we compared the genomes of Drosophila-associated strains to the genomes of strains isolated from alternative sources. We found that environmental Lactobacillus strains readily associated with adult Drosophila and were similar to fly isolates in terms of genome organization. In contrast, we identified a strain of A. pasteurianus that apparently fails to associate with adult Drosophila due to an inability to grow on fly nutrient food. Comparisons between association competent and incompetent A. pasteurianus strains identified a short list of candidate genes that may contribute to survival on fly medium. Many of the gene products unique to fly-associated strains have established roles in the stabilization of host-microbe interactions. These data add to a growing body of literature that examines the microbial perspective of host-microbe relationships.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».