Post-column hydrogen–deuterium exchange technique to assist in the identification of small organic molecules by mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
To improve the certainty that a specific small organic molecule has been detected in a given sample by high-resolution mass spectrometry, other techniques that give conclusive evidence about the chemical structure of a compound like nuclear magnetic resonance or complementary information on its composition such as hydrogen–deuterium exchange (HDX) are often necessary. This study presents a systematic investigation that aims to improve the applicability of post-column HDX for those purposes. Key parameters like mobile-phase flow rates, volume percentage of H 2 O in the mobile phase, and D 2 O addition flow rates were optimized to provide an isotopic pattern that allows the accurate determination of the number of exchangeable hydrogen atoms in small organic molecules. A loop injection setup was used to emulate chromatographic conditions in the optimization process, and trimethoprim, a widely used anti-infective, was used as test compounds for the experiments. As expected, results showed that deuteration percentage decreased with a higher mobile-phase flow rate and increased with higher D 2 O flow rate. The post-column HDX technique was then validated with extracts of samples of river water and plants separated by liquid chromatography in hydrophilic interaction or reversed-phase modes. Mass spectra showed a completely visible isotopic pattern that allowed assessing correctly and unambiguously the number of exchangeable hydrogens in the compounds of interest. This study shows that post-column HDX can be used as a complementary technique to identify unknown small organic molecules in complex matrices. The current paper proposes an efficient, cost-effective, versatile technique of HDX that is helpful to assign a unique structure to a given high-resolution mass spectrometry signal.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».