Effects of Salt on the Stability of a G-Quadruplex from the Human c-MYC Promoter
Notice bibliographique
Résumé
In an atmosphere of potassium ions, a modified c-MYC NHE III1 sequence with two G-to-T mutations (MYC22-G14T/G23T) forms a highly stable parallel-stranded G-quadruplex. The G-quadruplex exhibits a steady increase in its melting temperature, T(M), with an increase in the concentration of the stabilizing cation K(+). On the other hand, an increase in the concentration of nonstabilizing Cs(+) or TMA(+) cations at a constant concentration of K(+) causes a sharp decline in T(M) followed by a leveling off at ∼200 mM Cs(+) or TMA(+). At 51 °C and 600 μM K(+), an increase in Cs(+) concentration from 0 to 800 mM leads to a complete unfolding of the G-quadruplex. These observations are consistent with the picture in which more counterions accumulate in the vicinity of the unfolded state of MYC22-G14T/G23T (nonspecific ion binding) than in that of the G-quadruplex state. We estimate that the unfolded state condenses one extra counterion compared to the G-quadruplex state. Taken together with our earlier results, our data suggest that sodium or potassium cations sequestered inside the central cavity stabilize the G-quadruplex conformation acting as specifically bound ligands. Nonspecifically bound (condensed) counterions may slightly stabilize, exert no influence (human telomeric G-quadruplexes), or strongly destabilize (MYC22-G14T/G23T) the G-quadruplex conformation. We offer a structural rationalization for the enhanced thermal stability of the MYC22-G14T/G23T G-quadruplex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».