MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2500009407 · doi:10.1186/s40851-016-0050-7

Flexible selection of diversified Na+/K+-ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts

2016· article· en· W2500009407 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueZoological Letters · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiquePhysiological and biochemical adaptations
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCore Research for Evolutional Science and TechnologyInstitute of GeneticsMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyJapan Society for the Promotion of ScienceUniversity of TokyoToyo UniversityResearch Organization of Information and Systems
Mots-clésGene isoformBiologyGene duplicationTandem exon duplicationPhylogenetic treeGeneEuryhalineProtein subunitGeneticsMolecular biologySalinityEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND AND METHODS: Multiple Na+/K+-ATPase (NKA) α-subunit isoforms express differentially in response to salinity transfer in teleosts but we observed that the isoform nomenclature is inconsistent with the phylogenetic relationship of NKA α-genes. We cloned the catalytic NKA α-subunit isoforms in eels and medaka, analyzed the time course of their expressions in osmoregulatory tissues after transfer from freshwater (FW) to seawater (SW), and performed phylogenetic analyses to deduce an evolutionary scenario that illustrates how various duplication events have led to the current genomic arrangement of NKA α-genes in teleosts. RESULTS AND DISCUSSION: Five and six α-subunits were cloned in eels and medaka respectively. In eels, the commonly-reported α1a and α1b isoforms were absent while the α1c isoform was diversified instead (α1c-1, α1c-2, α1c-3, α2, and α3 in eels). Phylogenetic estimation indicated that the α1a and α1b isoforms from salmon, tilapia, and medaka were generated by independent duplication events and thus they are paralogous isoforms. Re-examination of expression changes of known isoforms after salinity challenge revealed that the isoforms selected as predominant SW-types varied among teleost lineages. Diversification of α1 isoforms occurred by various types of gene duplication, or by alternative transcription among tandem genes to form chimeric transcripts, but there is no trend for more α1 copies in euryhaline species. Our data suggest that the isoform switching between FW (α1a predominates) and SW (α1b predominates) that occurs in salmonids is not universal in teleosts. Instead, in eels, α1c-1 was the major α-subunit upregulated gill, intestine, and kidney in SW. Localization of both NKA mRNA and protein showed consistent upregulation in gill and intestine in SW eels, but not in renal distal and collecting tubules, where low transcript expression levels were accompanied by high protein levels, suggesting a tissue-specific translational regulation that determines and fine-tunes the NKA expression. In medaka, α1b was upregulated in SW in anterior intestine while most other α-subunit isoforms were less responsive to salinity changes. CONCLUSION: By integrating gene expression and phylogenetic results, we propose that the major NKA α-subunits for SW acclimation were not ancestrally selected, but rather were flexibly determined in lineage-specific fashion in teleosts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,752
Score d'incertitude au seuil0,915

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle