The Use of DNA Sequences from the β-Amylase Gene to Determine the Genetic Relationship among Sweetpotato, I. batatas and Other Ipomoea Species in Series Batatas (Convolvulaceae)
Notice bibliographique
Résumé
The sweet potato Ipomoea batatas (L.) Lam. is classified in series Batatas (Choisy) in Convolvulaceae, with 12 other species and an interspecific true hybrid. The phylogenetic relationships of a sweetpotato cultivar and 13 accessions of Ipomoeas in the series Batatas were investigated using the nucleotide sequence variation of the nuclear-encoded β-amylase gene. First, flowers were examined to identify the species, and DNA flow cytometry used to determine their ploidy. The sweetpotato accession was confirmed as a hexaploid, I. tabascana a tetraploid, and all other species were diploids. A 1.1–1.3 kb fragment of the β-amylase gene spanning two exons separated by a long intron was PCR-amplified, cloned, and sequenced. Exon sequences were highly conserved, while the intron yielded large sequence differences. Intron analysis grouped species currently recognized as A and B genome types into separate clades. This grouping supported the prior classification of all the species, with one exception. The species I. tiliacea was previously classified as a B genome species, but this DNA study classifies it as an A genome species. From the intron alignment, sequences specific to both A and B genome species were identified. Exon sequences indicated that I. ramosissima and I. umbraticola were quite different from other A genome species. Placement of I. littoralis was questionable: its introns were similar to other B genome species, but exons were quite different. Exon evolution indicated the B genome species evolved faster than A genome species. Both intron and exon results indicated the B genome species most closely related to sweetpotato ( I. batatas ) were I. trifida and I. tabascana .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».