Abstract 4369: Genome-wide copy number dependency analysis identifies partial copy loss of SF3B1 as a novel cancer vulnerability
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genomic instability is a hallmark of cancer resulting in widespread somatic copy number alterations. We integrated a genome-scale shRNA viability screen and copy number profiles from 179 cancer cell lines to perform an unbiased analysis of copy-number associated gene-dependency interactions. We found most copy-number associated gene dependencies result from losses of genetic material rather than gains. Strikingly, the most enriched class of these dependencies was CYCLOPS (Copy-number alterations Yielding Cancer Liabilities Owing to Partial losS) genes. Hemizygous loss of CYCLOPS genes sensitizes cancer cells to their further suppression. One of the “top hits” from the analysis was the pre-mRNA splicing factor SF3B1, which is also frequently mutated in cancer. We then sought to evaluate SF3B1 as a CYCLOPS gene. Cancer cells with hemizygous SF3B1 copy-loss were uniquely sensitive to partial SF3B1 suppression by RNAi compared to cells with normal SF3B1 gene dosage. Mechanistically, cancer cells harboring partial SF3B1 copy-loss lack a reservoir of excess SF3b complex, a precursor complex of the U2 snRNP, which protects cells with normal SF3B1 copy number from cell death upon SF3B1 suppression. Our data highlight the prevalence of CYCLOPS dependencies in cancer and establish the spliceosome as a frequent CYCLOPS target. Further, these data indicate targeting wild-type SF3B1 as a novel cancer dependency in cells with hemizygous SF3B1 copy-loss. Citation Format: Brenton R. Paolella, William J. Gibson, Laura M. Urbanski, John A. Alberta, Travis I. Zack, Pratiti Bandopadhayay, Caitlin A. Nichols, Pankaj K. Agarwalla, Meredith S. Brown, Rebecca Lamothe, Yong Yu, Peter S. Choi, Esther A. Obeng, Dirk Heckl, Benjamin L. Ebert, Guo Wei, Belinda Wang, William C. Hahn, Francisca Vazquez, Barbara A. Weir, Charles D. Stiles, Robin Reed, Rameen Beroukhim. Genome-wide copy number dependency analysis identifies partial copy loss of SF3B1 as a novel cancer vulnerability. [abstract]. In: Proceedings of the 107th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2016 Apr 16-20; New Orleans, LA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2016;76(14 Suppl):Abstract nr 4369.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».