Maintenance of the EBV‐specific CD8<sup>+</sup> TCRαβ repertoire in immunosuppressed lung transplant recipients
Notice bibliographique
Résumé
Epstein‐Barr virus (EBV) is one of the most common viruses in humans, capable of causing life‐threatening infections and cancers in immunocompromised individuals. Although CD8+ T cells provide key protection against EBV, the persistence and dynamics of specific T‐cell receptor (TCR) clones during immunosuppression in transplant patients is largely unknown. For the first time, we used a novel single‐cell TCRαβ multiplex‐nested reverse transcriptase PCR to dissect TCRαβ clonal diversity within GLCTLVAML (GLC)‐specific CD8+ T cells in healthy individuals and immunocompromised lung transplant recipients. The GLC peptide presented by HLA‐A*02:01 is one of the most immunogenic T‐cell targets from the EBV proteome. We found that the GLC‐specific TCRαβ repertoire was heavily biased toward TRAV5 and encompassed five classes of public TCRαβs, suggesting that these clonotypes are preferentially utilized following infection. We identified that a common TRAV5 was diversely paired with different TRAJ and TRBV/TRBJ genes, in both immunocompetent and immunocompromised individuals, with an average of 12 different TCRαβ clonotypes/donor. Moreover, pre‐transplant GLC‐specific TCRαβ repertoires were relatively stable over 1 year post transplant under immunosuppression in the absence or presence of EBV reactivation. In addition, we provide the first evidence of early GLC‐specific CD8+ T cells at 87 days post transplant, which preceded clinical EBV detection at 242 days in an EBV‐seronegative patient receiving a lung allograft from an EBV‐seropositive donor. This was associated with a relatively stable TCRαβ repertoire after CD8+ T‐cell expansion. Our findings provide insights into the composition and temporal dynamics of the EBV‐specific TCRαβ repertoire in immunocompromised transplant patients and suggest that the early detection of EBV‐specific T cells might be a predictor of ensuing EBV blood viremia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».