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Enregistrement W2506035177 · doi:10.1158/1538-7445.am2016-2587

Abstract 2587: Comprehensive colorectal cancer risk prediction to inform personalized screening and intervention

2016· article· en· W2506035177 sur OpenAlexaff
Jihyoun Jeon, Sonja I. Berndt, Hermann Brenner, Peter T. Campbell, Andrew T. Chan, Jenny Chang‐Claude, Mengmeng Du, Graham G. Giles, Jian Gong, Stephen B. Gruber, Tabitha A. Harrison, Michael Hoffmeister, Loı̈c Le Marchand, Li Li, John D. Potter, Gad Rennert, Robert E. Schoen, Martha L. Slattery, Emily White, Michael O. Woods, Ulrike Peters, Li Hsu

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueNutrition, Genetics, and Disease
Établissements canadiensGovernment of Newfoundland and LabradorMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFamily historyColorectal cancerMedicineLogistic regressionInternal medicineOncologyEpidemiologyCancerRisk assessment

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of cancer deaths in the United States, despite the fact that it is one of the most preventable and treatable cancers when detected early via screening. The current screening guidelines for CRC are based on age, family history of CRC, and previous screening results. However, multiple environmental and lifestyle risk factors have been established or suspected for CRC, as have many common genetic susceptibility loci. It is critical to utilize this information to better stratify individuals into low- and high-risk groups for optimized and personalized screening and intervention recommendations. Using data from two large consortia (8421 CRC cases and 9767 controls): the Genetics and Epidemiology of Colorectal Cancer Consortium (GECCO) and the Colorectal Transdisciplinary study (CORECT), we developed risk prediction models for men and women based on family history, environmental and lifestyle risk factors, and known CRC susceptibility loci identified through genome-wide association studies. We constructed an environmental risk score (E-score) as a weighted sum of 19 established or potential environmental and lifestyle risk factors for CRC with weights obtained from a multivariate logistic regression analysis. Compared to the model that includes only family history, the E-score significantly improves the discriminatory accuracy for both men (AUC = 0.62 vs. 0.53, p-value < 1e-5) and women (AUC = 0.60 vs. 0.52, p-value < 1e-5). Similarly, we also constructed a genetic risk score (G-score) using 50 common variants associated with CRC risk, and the G-score also significantly improves the discriminatory accuracy for both men (AUC = 0.60 vs. 0.53, p-value < 1e-5) and women (AUC = 0.59 vs. 0.52, p-value < 1e-5) over the family history-only model. Compared to the model with family history and E-score, the inclusion of the G-score in the model further improves the discriminatory accuracy for both men (AUC = 0.65 vs. 0.62, p-value = 0.0152) and women (AUC = 0.63 vs. 0.60, p-value = 0.0005). Our risk prediction models are the first to incorporate both comprehensive environmental and lifestyle risk factors, and known CRC common genetic variants. The E- and G-scores are independent risk predictors for CRC, and models that incorporate both scores improve the discriminatory accuracy significantly compared to family history-only models. Using risk-factor distributions available from nationally representative data (e.g., NHANES), we will provide absolute-risk estimates of CRC using both the E- and G-scores. We expect our comprehensive models incorporating both environmental and genetic risk factors to provide more accurate estimation of CRC, which will be useful for recommending individually tailored screening and intervention strategies to prevent this common cancer. Citation Format: Jihyoun Jeon, Sonja I. Berndt, Hermann Brenner, Peter T. Campbell, Andrew T. Chan, Jenny Chang-Claude, Mengmeng Du, Graham Giles, Jian Gong, Stephen B. Gruber, Tabitha A. Harrison, Michael Hoffmeister, Loic LeMarchand, Li Li, John D. Potter, Gad Rennert, Robert E. Schoen, Martha L. Slattery, Emily White, Michael O. Woods, Ulrike Peters, Li Hsu. Comprehensive colorectal cancer risk prediction to inform personalized screening and intervention. [abstract]. In: Proceedings of the 107th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2016 Apr 16-20; New Orleans, LA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2016;76(14 Suppl):Abstract nr 2587.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,014
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,018

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,014
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,048
Tête enseignante GPT0,384
Écart entre enseignants0,337 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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