Immunoproteasomes regulate gene expression in dendritic cells (100.36)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A constitutive form of the proteasome (CP) is expressed in all eukaryotic cells and is involved in many cellular processes. Immune and cytokine-activated cells also express a second type of proteasome named the immunoproteasome (IP). Since its discovery, it has been thought that the main role of IPs is to produce MHC I-associated peptides. However, an increasing number of studies report peptide-independent effects of IPs. In line with this, we recently showed using microarrays that knocking-out two IP-subunits (LMP7 and MECL1) in bone marrow-derived dendritic cells alters the expression of 171 genes mostly associated with immune functions, with enriched clusters on chromosomes. We now show by qPCR experiments that the disruption of both LMP7 and MECL1 is necessary to alter gene expression. Bioinformatic predictions of transcription factor binding sites suggest that this effect of IPs hinges mainly on transcriptional regulation. Comparing the abundance of unspliced and mature mRNAs in WT and IP knock-out cells shows that IPs also influence the maturation of certain transcripts. However, IPs do not affect mRNA stability overtime when blocking mRNA synthesis. The control of gene expression by IPs might explain aberrant T and B cell phenotypes previously described in IP-subunit knock-out mice. A better comprehension of how IPs regulate gene expression could help us understand the selective pressure that allowed the conservation of more than one type of proteasome in vertebrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».