Genome and Plasmid Analysis of <i>bla</i> <sub>IMP-4</sub> -Carrying Citrobacter freundii B38
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Sequencing of the bla IMP-4 -carrying C. freundii B38 using the PacBio SMRT technique revealed that the genome contained a chromosome of 5,134,500 bp and three plasmids, pOZ172 (127,005 bp), pOZ181 (277,592 bp), and pOZ182 (18,467 bp). Plasmid pOZ172 was identified as IncFIIY, like pP10164-NDM and pNDM-EcGN174. It carries a class 1 integron with four cassettes ( bla IMP-4 - qacG2 - aacA4 - aphA15 ) and a complete hybrid tni module ( tniR - tniQ - tniB - tniA ). The recombination of tniR from Tn 402 (identical) with tniQBA from Tn 5053 (99%) occurred within the res site of Tn 402 / 5053 . The Tn 402/5053 -like integron, named Tn 6017 , was inserted into Tn 1722 at the res II site. The replication, partitioning, and transfer systems of pOZ181 were similar to those of IncHI2 plasmids (e.g., R478) and contained a sul1 -type class 1 integron with the cassette array orf-dfrA1-orf-gcu37-aadA5 linked to an upstream Tn 1696 tnpA-tnpR and to a downstream 3′ conserved sequence (3′-CS) and IS CR1 . A Tn 2 transposon encoding a bla TEM-1 β-lactamase was identified on pOZ182. Other interesting resistance determinants encoded on the B38 chromosome included multidrug resistance (MDR) efflux pumps, an AmpC β-lactamase, and resistances to Cu, Ag, As, and Zn. This is the first report of a complete tni module linked to a bla IMP-4 -carrying class 1 integron, which, together with other recently reported non- sul1 integrons, represents the emergence of a distinct evolutionary lineage of class 1 integrons lacking a 3′-CS ( qacEΔ1 - sul1 ). The unique cassette array, complete tni module of Tn 6017 , and incompatibility group of pOZ172 suggest a bla IMP-4 evolutionary pathway in C. freundii B38 different from that for other bla IMP-4 genes found in Gram-negative bacteria in the Western Pacific region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».