Phylogenetics of extant and fossil Pinaceae: methods for increasing topological stability
Notice bibliographique
Résumé
Relationships of living and fossil Pinaceae were inferred using parsimony and Bayesian inference of morphological characters and plastid and nuclear DNA sequences. When considering extant taxa only, adding molecular to morphological characters resulted in markedly increased resolution and branch support compared with analysis of morphology alone. Including 45 fossil taxa resulted in drastically decreased resolution in morphology-based consensus trees. We evaluated the effect on branch support and resolution of including DNA sequences, deleting fossils lacking information for cone scale apices and seeds, using reduced consensus methods, and using implied weighting, and found that the greatest improvements were found by including DNA sequences and using implied weighting. The tree topologies from parsimony and Bayesian inference confirm previous findings that the fossil genus Pseudoaraucaria and a few species of Pityostrobus from the Lower Cretaceous are related to abietoid genera, and that other species of Pityostrobus are pinoid and closely related to Pinus. Focusing phylogenetic analyses on the most complete fossil cones, specifically those that are anatomically preserved and include both cone scale apices and seeds, and taking into account homoplasy, resulted in the clearest hypotheses for the timing and sequence of diversification in the family.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».