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Enregistrement W2508757450 · doi:10.1186/s40169-016-0109-2

A quantitative metabolomics profiling approach for the noninvasive assessment of liver histology in patients with chronic hepatitis C

2016· article· en· W2508757450 sur OpenAlex
M. Omair Sarfaraz, Robert P. Myers, Carla S. Coffin, Zu‐Hua Gao, Abdel Aziz Shaheen, Pam Crotty, Ping Zhang, Hans J. Vogel, Aalim M. Weljie

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueClinical and Translational Medicine · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLiver Disease Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensMcMaster UniversityHealth Sciences CentreMcMaster University Medical CentreMcGill University Health CentreUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesAlberta InnovatesAlberta Heritage Foundation for Medical ResearchAlberta Innovates - Health SolutionsCanadian Institutes of Health ResearchChina Scholarship CouncilAmerican Gastroenterological AssociationCanadian Liver FoundationAlberta Cancer FoundationFondation pour la Recherche Médicale
Mots-clésChronic hepatitisMedicineProfiling (computer programming)HistologyMetabolomicsPathologyInternal medicineBioinformaticsComputer scienceVirologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: High-throughput technologies have the potential to identify non-invasive biomarkers of liver pathology and improve our understanding of basic mechanisms of liver injury and repair. A metabolite profiling approach was employed to determine associations between alterations in serum metabolites and liver histology in patients with chronic hepatitis C virus (HCV) infection. METHODS: Sera from 45 non-diabetic patients with chronic HCV were quantitatively analyzed using (1)H-NMR spectroscopy. A metabolite profile of advanced fibrosis (METAVIR F3-4) was established using orthogonal partial least squares discriminant analysis modeling and validated using seven-fold cross-validation and permutation testing. Bioprofiles of moderate to severe steatosis (≥33 %) and necroinflammation (METAVIR A2-3) were also derived. The classification accuracy of these profiles was determined using areas under the receiver operator curves (AUROCSs) measuring against liver biopsy as the gold standard. RESULTS: In total 63 spectral features were profiled, of which a highly significant subset of 21 metabolites were associated with advanced fibrosis (variable importance score >1 in multivariate modeling; R(2) = 0.673 and Q(2) = 0.285). For the identification of F3-4 fibrosis, the metabolite bioprofile had an AUROC of 0.86 (95 % CI 0.74-0.97). The AUROCs for the bioprofiles for moderate to severe steatosis were 0.87 (95 % CI 0.76-0.97) and for grade A2-3 inflammation were 0.73 (0.57-0.89). CONCLUSION: This proof-of-principle study demonstrates the utility of a metabolomics profiling approach to non-invasively identify biomarkers of liver fibrosis, steatosis and inflammation in patients with chronic HCV. Future cohorts are necessary to validate these findings.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,021
Score d'incertitude au seuil0,194

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,360
Écart entre enseignants0,301 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle