Comparative transcriptome analysis of the hepatopancreas of <i>Eriocheir sinensis</i> following oral gavage with enrofloxacin
Notice bibliographique
Résumé
Enrofloxacin is an important drug that is widely used in the treatment of the diseased Eriocheir sinensis. This study compared transcriptome differences in the hepatopancreas of E. sinensis following oral gavage with enrofloxacin. Our study produced 80 228 728 and 88 888 706 raw reads from control and treatment groups, and after filtering and quality checks of the raw sequence reads, our analysis yielded 78 843 613 and 87 628 922 clean reads with a mean length of 126 bp from control and treatment groups, respectively. A total of 15 797 transcripts were assembled, with 11 975 transcripts annotated. Moreover, 2795 transcripts were judged to be differentially expressed genes. Gene ontology terms “biological process” and “metabolic process” were the most enriched in the oxidation–reduction process, translational initiation, membrane, cytoplasmic part, and hydrolase activity. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway analysis showed that metabolic and signal transduction pathways were significantly enriched. Furthermore, we found that gshB and the CYP450 enzyme system plays a role in the metabolism of enrofloxacin in the hepatopancreas of E. sinensis. This study identified differential transcripts related to transmembrane transport and drug metabolism in E. sinensis that could help develop understanding of the molecular basis of enrofloxacin metabolism in this economically important aquaculture species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».