Standardization of a SYBR Green Based Real-Time PCR System for Detection and Molecular Quantification of Babesia bovis and B. bigemina in Water Buffaloes (Bubalus bubalis)
Notice bibliographique
Résumé
Water buffalo (Bubalus bubalis) is a potential reservoir for Babesia bovis and B. bigemina in tropical regions, but the epidemiological evidence of their reservoir competence is limited, especially due to the lack of diagnostic tests capable of detecting and quantifying the low-level parasitemia present in the carrier animals. In this paper we present the standardization process of a SYBR Green based real-time PCR system (qPCR), consisting of two single qPCR assays, for the detection and quantification of B. bovis and/or B. bigemina. Both assays were optimized in similar protocols, including reagent concentrations and thermocycling parameters, so it is possible its use as a multiple qPCR in a single run. Both single assays showed a suitable analytical performance, especially by allowing detection of a greater number of carrier animals when compared with nested PCR assays (nPCR) against a reference panel of 60 DNA samples extracted from blood of both, infected- and non-infected buffaloes. Furthermore, a mathematical algorithm to convert the qPCR outcomes in percent of infected red blood cell was used, and was found that the estimated parasitemia in carrier buffaloes within the reference sample panels were close to those described in carrier cattle. This method could be a useful tool for epidemiological studies on the participation of the bubaline specie in the epidemic process of bovine babesiosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».