MDAnalysis: A Python Package for the Rapid Analysis of Molecular Dynamics Simulations
Notice bibliographique
Résumé
MDAnalysis (http://mdanalysis.org) is a library for structural and temporal analysis of molecular dynamics (MD) simulation trajectories and individual protein structures.MD simulations of biological molecules have become an important tool to elucidate the relationship between molecular structure and physiological function.Simulations are performed with highly optimized software packages on HPC resources but most codes generate output trajectories in their own formats so that the development of new trajectory analysis algorithms is confined to specific user communities and widespread adoption and further development is delayed.MDAnalysis addresses this problem by abstracting access to the raw simulation data and presenting a uniform object-oriented Python interface to the user.It thus enables users to rapidly write code that is portable and immediately usable in virtually all biomolecular simulation communities.The user interface and modular design work equally well in complex scripted work flows, as foundations for other packages, and for interactive and rapid prototyping work in IPython / Jupyter notebooks, especially together with molecular visualization provided by nglview and time series analysis with pandas.MDAnalysis is written in Python and Cython and uses NumPy arrays for easy interoperability with the wider scientific Python ecosystem.It is widely used and forms the foundation for more specialized biomolecular simulation tools.MDAnalysis is available under the GNU General Public License v2.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,056 | 0,028 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».