A Multi-Species TaqMan PCR Assay for the Identification of Asian Gypsy Moths (Lymantria spp.) and Other Invasive Lymantriines of Biosecurity Concern to North America
Notice bibliographique
Résumé
Preventing the introduction and establishment of forest invasive alien species (FIAS) such as the Asian gypsy moth (AGM) is a high-priority goal for countries with extensive forest resources such as Canada. The name AGM designates a group of closely related Lymantria species (Lepidoptera: Erebidae: Lymantriinae) comprising two L. dispar subspecies (L. dispar asiatica, L. dispar japonica) and three closely related Lymantria species (L. umbrosa, L. albescens, L. postalba), all considered potential FIAS in North America. Ships entering Canadian ports are inspected for the presence of suspicious gypsy moth eggs, but those of AGM are impossible to distinguish from eggs of innocuous Lymantria species. To assist regulatory agencies in their identification of these insects, we designed a suite of TaqMan® assays that provide significant improvements over existing molecular assays targeting AGM. The assays presented here can identify all three L. dispar subspecies (including the European gypsy moth, L. dispar dispar), the three other Lymantria species comprising the AGM complex, plus five additional Lymantria species that pose a threat to forests in North America. The suite of assays is built as a "molecular key" (analogous to a taxonomic key) and involves several parallel singleplex and multiplex qPCR reactions. Each reaction uses a combination of primers and probes designed to separate taxa through discriminatory annealing. The success of these assays is based on the presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5' region of mitochondrial cytochrome c oxidase I (COI) or in its longer, 3' region, as well as on the presence of an indel in the "FS1" nuclear marker, generating North American and Asian alleles, used here to assess Asian introgression into L. dispar dispar. These assays have the advantage of providing rapid and accurate identification of ten Lymantria species and subspecies considered potential FIAS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».