MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2513871868 · doi:10.1369/0022155416665338

Investigation of PD-L1 Biomarker Testing Methods for PD-1 Axis Inhibition in Non-squamous Non–small Cell Lung Cancer

2016· article· en· W2513871868 sur OpenAlexafffund
Brandon S. Sheffield, Regan Fulton, Steve E. Kalloger, Katy Milne, Georgia Samantha Geller, Martin Jones, Céline Jacquemont, Susanna Zachara, Eric Y. Stutheit-Zhao, Erin Pleasance, Janessa Laskin, Steven J.M. Jones, Marco A. Marra, Stephen Yip, Brad H. Nelson, Allen M. Gown, Cheryl Ho, Diana N. Ionescu

Notice bibliographique

RevueJournal of Histochemistry & Cytochemistry · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Immunotherapy and Biomarkers
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreUniversity of British ColumbiaBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesUniversity of British ColumbiaBristol-Myers Squibb CanadaBristol-Myers Squibb
Mots-clésImmunohistochemistryBiomarkerMedicineTissue microarrayLung cancerLymph nodePD-L1CancerOncologyTranscriptomeLungPathologyCancer researchInternal medicineGene expressionBiologyImmunotherapyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Inhibitors of the programmed cell death 1 (PD-1) signaling axis have recently demonstrated efficacy and are rapidly being incorporated into the treatment of non-small cell lung cancers (NSCLCs). Despite clear benefits to certain patients, the association of these responses with a predictive biomarker remains uncertain. Several different biomarkers have been proposed, with differing results and conclusions. This study compares multiple methods of biomarker testing for treatment of NSCLCs with PD1-axis inhibitors. Tissue microarrays of matched primary and metastatic NSCLCs were used to compare four different PD-1 ligand (PD-L1) IHC techniques, as well as RNA ISH. Additional cases with whole genome and transcriptome data were assessed for molecular correlates of PD-L1 overexpression. Eighty cases were included in the IHC study. Multiple IHC methodologies showed a high rate of agreement (Kappa = 0.67). When calibrated to RNA expression, agreement improved significantly (Kappa = 0.90, p=0.0049). PD-L1 status of primary and metastatic tumors was discordant in 17 (22%) cases. This study suggests that different IHC methodologies for PD-L1 assessment provide slightly different results. There is significant discordance between the PD-L1 status of primary tumors and lymph node metastases. RNA ISH may be a useful adjunct to complement PD-L1 IHC testing.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations32
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of Histochemistry & CytochemistryMême sujetCancer Immunotherapy and BiomarkersTravaux en français237 207