Waves of chromatin modifications in mouse dendritic cells in response to LPS stimulation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The importance of transcription factors (TFs) and epigenetic modifications in the control of gene expression is widely accepted. However, causal relationships between changes in TF binding, histone modifications, and gene expression during the response to extracellular stimuli are not well understood. Here, we analyzed the ordering of these events on a genome-wide scale in dendritic cells (DCs) in response to lipopolysaccharide (LPS) stimulation. Results Using a ChIP-seq time series dataset, we found that the LPS-induced accumulation of different histone modifications follow clearly distinct patterns. Increases in H3K4me3 appear to coincide with transcriptional activation. In contrast, H3K9K14ac accumulates early after stimulation, and H3K36me3 at later time points. Integrative analysis with TF binding data revealed potential links between TF activation and dynamics in histone modifications. Especially, LPS-induced increases in H3K9K14ac and H3K4me3 were associated with binding by STAT1/2, and were severely impaired in Stat1 -/- cells. Conclusions While the timing of short-term changes of some histone modifications coincides with changes in transcriptional activity, this is not the case for others. In the latter case, dynamics in modifications more likely reflect strict regulation by stimulus-induced TFs, and their interactions with chromatin modifiers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».