The diversity of mtDNA rns introns among strains of Ophiostoma piliferum, Ophiostoma pluriannulatum and related species
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Based on previous studies, it was suspected that the mitochondrial rns gene within the Ophiostomatales is rich in introns. This study focused on a collection of strains representing Ophiostoma piliferum, Ophiostoma pluriannulatum and related species that cause blue-stain; these fungi colonize the sapwood of trees and impart a dark stain. This reduces the value of the lumber. The goal was to examine the mtDNA rns intron landscape for these important blue stain fungi in order to facilitate future annotation of mitochondrial genomes (mtDNA) and to potentially identify mtDNA introns that can encode homing endonucleases which may have applications in biotechnology. RESULTS: Comparative sequence analysis identified five intron insertion sites among the ophiostomatoid fungi examined. Positions mS379 and mS952 harbor group II introns, the mS379 intron encodes a reverse transcriptase, and the mS952 intron encodes a potential homing endonuclease. Positions mS569, mS1224, and mS1247 have group I introns inserted and these encode intact or eroded homing endonuclease open reading frames (ORF). Phylogenetic analysis of the intron ORFs showed that they can be found in the same insertion site in closely and distantly related species. CONCLUSIONS: Based on the molecular markers examined (rDNA internal transcribed spacers and rns introns), strains representing O. pilifera, O. pluriannulatum and Ophiostoma novae-zelandiae could not be resolved. Phylogenetic studies suggest that introns are gained and lost and that horizontal transfer could explain the presence of related intron in distantly related fungi. With regard to the mS379 group II intron, this study shows that mitochondrial group II introns and their reverse transcriptases may also follow the life cycle previously proposed for group I introns and their homing endonucleases. This consists of intron invasion, decay of intron ORF, loss of intron, and possible reinvasion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».