Variation in porcine reproductive and respiratory syndrome virus open reading frame 5 diagnostic sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Objective: To assess porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) open reading frame 5 (ORF5) sequencing variation, within and among state diagnostic laboratories, that may contribute to observed differences in sequence homology among isolates. Materials and methods: PRRS virus-positive blood samples were collected from individual pigs on three different farms and submitted on three independent occasions to three diagnostic laboratories for PRRSV ORF5 nucleotide sequencing. The PRRSV isolates on each farm were genetically disparate. Vaccine viruses (Ingelvac PRRS MLV and Ingelvac PRRS ATP; Boehringer Ingelheim Vetmedica, Inc, St Joseph, Missouri) were submitted as positive controls. Results: Full-length ORF5 sequences were obtained from all samples. Positive-control vaccine virus sequencing was precise and highly accurate, with all laboratories on all occasions obtaining nearly identical sequences. The analytical specificity of field PRRSV sequencing was robust, with a median variation among laboratories for the same farm sample, across all pigs and submission dates, of one base difference per 603-base sequence (0.2%). Seventy-five percent of sequences had fewer than six base differences, and the greatest difference was 2.2%. However, 16% of samples in one submission from one farm appeared to be misidentified in the reports of one laboratory. Implications: Inter- and intra-laboratory ORF5 sequencing results are reproducible, reliable, and do not contribute significantly to estimated PRRSV diversity. Tracking errors may occur which can lead to confusion or inappropriate reaction by key decision makers. Submitters should retain aliquots of all samples to enable further investigation of a diagnostic error not related to the sequencing procedure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».