Identification of breast cancer cell subtypes sensitive to ATG4B inhibition
Notice bibliographique
Résumé
// Svetlana Bortnik 1, 2 , Courtney Choutka 1, 3 , Hugo M. Horlings 4, 5, 6 , Samuel Leung 4, 5 , Jennifer H. Baker 7 , Chandra Lebovitz 1, 3 , Wieslawa H. Dragowska 8 , Nancy E. Go 1 , Marcel B. Bally 8, 9, 10, 11 , Andrew I. Minchinton 7 , Karen A. Gelmon 12, 13 , Sharon M. Gorski 1, 2, 3, 14 1 The Genome Sciences Centre, BC Cancer Agency, Vancouver, BC, Canada 2 Interdisciplinary Oncology Program, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada 3 Department of Molecular Biology and Biochemistry, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada 4 Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada 5 Vancouver General Hospital, BC Cancer Agency, Vancouver, BC, Canada 6 Department of Pathology, Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, The Netherlands 7 Radiation Biology Unit - Department of Integrative Oncology, BC Cancer Agency, Vancouver, BC, Canada 8 Department of Experimental Therapeutics, BC Cancer Agency, Vancouver, BC, Canada 9 Faculty of Pharmaceutical Sciences, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada 10 Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada 11 Centre for Drug Research and Development, Vancouver, BC, Canada 12 Medical Oncology, BC Cancer Agency, Vancouver, BC, Canada 13 Department of Medicine, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada 14 Centre for Cell Biology, Development, and Disease, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada Correspondence to: Svetlana Bortnik, email: sbortnik@bcgsc.ca Keywords: breast cancer, autophagy, ATG4B, HER2, trastuzumab Received: March 20, 2016 Accepted: August 09, 2016 Published: August 19, 2016 ABSTRACT Autophagy, a lysosome-mediated degradation and recycling process, functions in advanced malignancies to promote cancer cell survival and contribute to cancer progression and drug resistance. While various autophagy inhibition strategies are under investigation for cancer treatment, corresponding patient selection criteria for these autophagy inhibitors need to be developed. Due to its central roles in the autophagy process, the cysteine protease ATG4B is one of the autophagy proteins being pursued as a potential therapeutic target. In this study, we investigated the expression of ATG4B in breast cancer, a heterogeneous disease comprised of several molecular subtypes. We examined a panel of breast cancer cell lines, xenograft tumors, and breast cancer patient specimens for the protein expression of ATG4B, and found a positive association between HER2 and ATG4B protein expression. We showed that HER2-positive cells, but not HER2-negative breast cancer cells, require ATG4B to survive under stress. In HER2-positive cells, cytoprotective autophagy was dependent on ATG4B under both starvation and HER2 inhibition conditions. Combined knockdown of ATG4B and HER2 by siRNA resulted in a significant decrease in cell viability, and the combination of ATG4B knockdown with trastuzumab resulted in a greater reduction in cell viability compared to trastuzumab treatment alone, in both trastuzumab-sensitive and -resistant HER2 overexpressing breast cancer cells. Together these results demonstrate a novel association of ATG4B positive expression with HER2 positive breast cancers and indicate that this subtype is suitable for emerging ATG4B inhibition strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».