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Enregistrement W2518302135 · doi:10.5858/arpa.2016-0119-ra

Diagnostic Immunohistochemistry: What Can Go Wrong and How to Prevent It

2016· review· en· W2518302135 sur OpenAlexaff
Allen M. Gown

Notice bibliographique

RevueArchives of Pathology & Laboratory Medicine · 2016
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHER2/EGFR in Cancer Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésContext (archaeology)ImmunohistochemistryComputer scienceEpitopeVendorAntibodyTask (project management)Primary and secondary antibodiesProcess (computing)MedicinePathologyImmunologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

CONTEXT: -There are a number of critical factors that can lead to incorrect results if the diagnostic pathologist performing immunohistochemistry is unaware of, or not vigilant about, their influence. OBJECTIVE: -To highlight 3 arenas in which errors may be introduced. DATA SOURCES: -For choosing the correct primary antibody, selection of the most appropriate antibodies for a given clinical application can be aided by obtaining information from the vendor; however, this can yield incomplete information. There are a number of online databases that have comparisons of antibodies from different vendors, particularly with respect to their use and properties. Reading the published literature can assist in this process, particularly with respect to determining antibody sensitivity and specificity, but it is a daunting task to keep up with all of the immunohistochemistry-related papers published. Finally, Web sites of a number of quality assurance organizations are accessible and can provide a wealth of information comparing the "real world" performance characteristics of different antibodies to the same target protein. False-positive signals can result from a number of factors, including the use of inappropriately high antibody concentration, and "pseudospecific" signal that is in the wrong compartment of the cell. False-negative signal can result from factors such as use of a nonoptimized epitope retrieval method. It is critical that epitope retrieval methods be optimized for each antibody employed in the laboratory. CONCLUSIONS: -By paying attention to these potential problems, the "black box" of diagnostic immunohistochemistry can be made more transparent.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,073
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,157
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,073
Score d'incertitude au seuil0,388

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0730,157
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0040,002
Études des sciences et des technologies0,0040,015
Communication savante0,0110,021
Science ouverte0,0040,004
Intégrité de la recherche0,0090,011
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,385
Écart entre enseignants0,351 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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