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Enregistrement W2520931435 · doi:10.1038/ncomms12605

Mutational signatures of ionizing radiation in second malignancies

2016· article· en· W2520931435 sur OpenAlex
Sam Behjati, Gunes Gundem, David C. Wedge, Nicola D. Roberts, Patrick Tarpey, Susanna L. Cooke, Peter Van Loo, Ludmil B. Alexandrov, Manasa Ramakrishna, Helen Davies, Serena Nik‐Zainal, Claire Hardy, Calli Latimer, Keiran Raine, Lucy Stebbings, Andy Menzies, David Jones, Rebecca Shepherd, Adam P. Butler, Jon W. Teague, Mette Jorgensen, Bhavisha Khatri, Nischalan Pillay, Adam Shlien, P. Andrew Futreal, Christophe Badie, Colin S. Cooper, Rosalind A. Eeles, Douglas F. Easton, Christopher S. Foster, David E. Neal, Daniel S. Brewer, Freddie C. Hamdy, Yong‐Jie Lu, Andy G. Lynch, Charlie E. Massi, Chi‐Fai Ng, Hayley C. Whitaker, Yongwei Yu, Hongwei Zhang, Elizabeth Bancroft, Daniel M. Berney, Niedzica Camacho, Cathy Corbishley, Tokhir Dadaev, Nening M. Dennis, Tim Dudderidge, Sandra E. Edwards, Cyril Fisher, Jilur Ghori, Vincent J. Gnanapragasam, Christopher Greenman, Steve Hawkins, Steven Hazell, Will Howat, Katalin Karászi, Jonathan Kay, Zsofia Kote‐Jarai, Bárbara Kremeyer, Pardeep Kumar, Adam Lambert, Daniel Leongamornlert, Naomi Livni, Hayley J. Luxton, Lucy Matthews, Erik Mayer, Susan Merson, David Nicol, Christopher Ogden, Sarah O’Meara, Gill Pelvender, Nimish Shah, Simon Tavaré, Sarah Thomas, Alan Thompson, Clare Verrill, Anne Y. Warren, Jorge Zamora, Ultan McDermott, G. Steven Bova, Andrea L. Richardson, Adrienne M. Flanagan, Michael R. Stratton, Peter J. Campbell

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilUniversity College London Hospitals NHS Foundation TrustPublic Health EnglandRosetrees TrustNational Institute for Health and Care ResearchNational Institute for Health Research Health Protection Research UnitWellcome TrustFrancis Crick InstituteNewcastle UniversityCancer Research UK
Mots-clésIonizing radiationBiologySomatic cellContext (archaeology)CarcinogenGeneticsGenomeGermline mutationMutationDNA damageCancer researchComputational biologyDNAGenePhysicsIrradiation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Ionizing radiation is a potent carcinogen, inducing cancer through DNA damage. The signatures of mutations arising in human tissues following in vivo exposure to ionizing radiation have not been documented. Here, we searched for signatures of ionizing radiation in 12 radiation-associated second malignancies of different tumour types. Two signatures of somatic mutation characterize ionizing radiation exposure irrespective of tumour type. Compared with 319 radiation-naive tumours, radiation-associated tumours carry a median extra 201 deletions genome-wide, sized 1-100 base pairs often with microhomology at the junction. Unlike deletions of radiation-naive tumours, these show no variation in density across the genome or correlation with sequence context, replication timing or chromatin structure. Furthermore, we observe a significant increase in balanced inversions in radiation-associated tumours. Both small deletions and inversions generate driver mutations. Thus, ionizing radiation generates distinctive mutational signatures that explain its carcinogenic potential.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,540
Score d'incertitude au seuil0,186

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle