The SCN Clock Governs Circadian Transcription Rhythms in Murine Epididymal White Adipose Tissue
Notice bibliographique
Résumé
The circadian master pacemaker in the suprachiasmatic nucleus (SCN) orchestrates peripheral clocks in various organs and synchronizes them with external time, including those in adipose tissue, which displays circadian oscillations in various metabolic and endocrine outputs. Because our knowledge about the instructive role of the SCN clock on peripheral tissue function is based mainly on SCN lesion studies, we here used an alternative strategy employing the Cre/ loxP system to functionally delete the SCN clock in mice. We performed whole-genome microarray hybridizations of murine epididymal white adipose tissue (eWAT) RNA preparations to characterize the role of the SCN clock in eWAT circadian transcriptome regulation. Most of the rhythmic transcripts in control animals were not rhythmic in SCN mutants, but a significant number of transcripts were rhythmic only in mutant eWAT. Core clock genes were rhythmic in both groups, but as was reported before for other tissues, rhythms were dampened and phase advanced in mutant animals. In SCN-mutant mice, eWAT lost the rhythm of metabolic pathway-related transcripts, while transcripts gaining rhythms in SCN-mutant mice were associated with various immune functions. These data reveal a complex interaction of SCN-derived and local circadian signals in the regulation of adipose transcriptome programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».