Comparison of RNA extraction methods for RT-PCR detection of <i>Coconut cadang-cadang viroid</i> variant in orange spotting oil palm leaves
Notice bibliographique
Résumé
Coconut cadang-cadang viroid (CCCVd) is a lethal disease that has devastated the coconut industry in the Philippines. Recently, a CCCVd variant associated with orange spotting of foliage, which is a phenomenon reported in the Malaysian oil palm industry, occurring as an isolated palm with no similar symptoms on the adjacent neighbouring palms. The presence of this viroid in oil palms is difficult to detect as it is found in very low concentrations. Thus, an efficient RNA extraction method for isolating the CCCVd variant and to detect it through reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) using specific primers for CCCVd was required. Leaf samples from symptomatic and asymptomatic oil palms were collected from various locations in Malaysia, namely, Negeri Sembilan, Selangor and Perak. The samples were subjected to three RNA extraction methods – natrium chloride EDTA Tris-HCl mercaptoethanol extraction (NETME), polyethylene glycol extraction (PEG) and cetyltrimethylammonium bromide extraction (CTAB). The quantification of the RNA, based on optical density (OD) and concentration, showed that the CTAB extraction was the best, followed by the NETME extraction. The RNA extraction using PEG resulted in poor yields and had the lowest purity. The viroid was detected in all of the samples extracted via CTAB and NETME by RT-PCR with reduced starting material compared with PEG extracted RNA. A BLAST analysis indicated that the viroid sequences are highly conserved and shared a 93% sequence identity with the CCCVd246 variant from oil palm. Phylogenetic analysis showed that the variant belonged to an outgroup from other cocadviroids found in monocots.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».