Detection of Qol Fungicide Resistance and Genomic Analysis for Identification of Polyketide Synthases and Methyltransferases in Ascochyta rabiei
Notice bibliographique
Résumé
Ascochyta blight is the most important disease of chickpeas in North America since the fungal pathogen Ascochyta rabiei was introduced to this region in 1986. Ascochyta blight epidemics can cause yield and economic losses of up to 100%. Currently available chickpea cultivars are partially resistant to A. rabiei, and the disease is primarily managed with the aid of seed and foliar fungicide treatment throughout the growing season. Development of resistance to highly effective fungicides such as the quinone outside inhibitor (Qol) fungicides has therefore significantly threatened chickpea production in the US and Canada. In this dissertation, the mutation associated with resistance to Qol fungicides was identified in A. rabiei in North Dakota from which a quick and accurate diagnostic assay was developed for the detection of Qol resistant isolates of A. rabiei. The detection of Qol resistant isolates is important for designing management strategies aimed to controlling A. rabiei in the field. Polyketide synthases (PKSs) and methyltransferases have been associated with virulence in several fungi but these genes have not been identified or characterized previously in A. rabiei. Therefore, a bioinformatic resource was developed for the identification of PKS proteins from the genome of A. rabiei. This was developed using the 13-ketoacyl synthase and acyltransferase domains from PKS proteins exclusively belonging to the fungal species and was used to identify PKS genes from the A. rabiei genome. Several methyltransferase genes were also identified using a similar strategy. The characterization of the identified A. rabiei PKSs and methyltransferases was conducted to study the effect of the divalent cations present in chickpea seed extracts on the accumulation of phytotoxic compounds, vegetative growth, and conidial production. This study provides an insight into the effect of these divalent cations on the expression of genes that modulate biological processes that may be directly associated with infection and colonization of the host.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».