MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2524133771 · doi:10.7554/elife.17092

Protein sequences bound to mineral surfaces persist into deep time

2016· article· en· W2524133771 sur OpenAlexafffund
Beatrice Demarchi, Shaun Hall, Teresa Roncal‐Herrero, Colin L. Freeman, Jos Woolley, Molly Crisp, Julie Wilson, Anna K. Fotakis, Román Fischer, Benedikt M. Kessler, Rosa Jersie-Christensen, Jesper V. Olsen, James Haile, Jessica Thomas, Curtis W. Marean, John Parkington, Samantha Presslee, Julia A. Lee‐Thorp, Peter Ditchfıeld, Jacqueline F. Hamilton, Martyn Ward, Chunting Michelle Wang, Marvin Shaw, Terry Harrison, Manuel Domínguez-Rodrigo, R. D. E. MacPhee, Amandus Kwekason, Michaela Ecker, Liora Kolska Horwitz, Michael Chazan, Roland Kröger, Jane Thomas‐Oates, John H. Harding, Enrico Cappellini, Kirsty Penkman, Matthew J. Collins

Notice bibliographique

RevueeLife · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineEarth and Planetary Sciences
ThématiqueEvolution and Paleontology Studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Environment Research CouncilEngineering and Physical Sciences Research CouncilArts and Humanities Research CouncilDirectorate for Biological SciencesNovo Nordisk FondenNational Geographic SocietyNovo NordiskDanmarks GrundforskningsfondSocial Sciences and Humanities Research Council of CanadaLeakey FoundationNational Research FoundationJohn Templeton FoundationSight Research UKEuropean Research CouncilLeverhulme TrustNational Science FoundationHyde Family FoundationArizona State University
Mots-clésCalciteDiagenesisBiologyMineralPaleontologyEvolutionary biologySequence (biology)EggshellGeologyZoologyEcologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Proteins persist longer in the fossil record than DNA, but the longevity, survival mechanisms and substrates remain contested. Here, we demonstrate the role of mineral binding in preserving the protein sequence in ostrich (Struthionidae) eggshell, including from the palaeontological sites of Laetoli (3.8 Ma) and Olduvai Gorge (1.3 Ma) in Tanzania. By tracking protein diagenesis back in time we find consistent patterns of preservation, demonstrating authenticity of the surviving sequences. Molecular dynamics simulations of struthiocalcin-1 and -2, the dominant proteins within the eggshell, reveal that distinct domains bind to the mineral surface. It is the domain with the strongest calculated binding energy to the calcite surface that is selectively preserved. Thermal age calculations demonstrate that the Laetoli and Olduvai peptides are 50 times older than any previously authenticated sequence (equivalent to ~16 Ma at a constant 10°C).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations274
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueeLifeMême sujetEvolution and Paleontology StudiesTravaux en français237 207