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Enregistrement W2524238393 · doi:10.21769/bioprotoc.1739

VAMP8-3xHA Uptake Assay in HeLa Cells

2016· article· en· W2524238393 sur OpenAlexaff
Steve Jean, Amy A. Kiger

Notice bibliographique

RevueBIO-PROTOCOL · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésTransmembrane proteinCell biologyOrganelleVesicleMembrane proteinTransport proteinBiologyChemistryMembraneBiochemistryReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Transmembrane proteins are rarely exclusively localized to a specific vesicle or an organelle. Most transmembrane proteins undergo complicated trafficking routes. Thus, transmembrane proteins are under constant flux, and at steady state, found on a variety of vesicles or organelles. This characteristic makes the study of their trafficking routes complex, since at any given moment, different molecules are often being trafficked in opposing directions. Pulse-chase experiments can temporally track a specific pool of a transmembrane protein of interest, allowing for the kinetic description of its trafficking route. This type of technique has been used extensively to follow a large array of plasma membrane localized proteins (Diril et al., 2006; Jean et al., 2010). Here, we describe a method that allows the study of VAMP8 trafficking from the plasma membrane to endolysosomal compartments. This method was used to describe a role for MTMR13 and RAB21 in the regulation of VAMP8 trafficking to endolysosomes (Jean et al., 2015).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: Protocole
Score de désaccord entre enseignants0,532
Score d'incertitude au seuil0,476

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreProtocole

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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