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Enregistrement W2524251176

Evaluation of genetic stability of transgenes in vaccine

2016· article· en· W2524251176 sur OpenAlexaff
Ali Azizi

Notice bibliographique

RevueJournal of Vaccines & Vaccination · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyCopy-number variationTransgeneDigital polymerase chain reactionGeneComputational biologyGeneticsGenomegenomic DNAReal-time polymerase chain reactionPolymerase chain reaction
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

B on health regulatory recommendations, the characteristics profile (e.g., identity, safety, potency, consistency, etc.) of a vaccine candidate should be established prior to initiation of a clinical phase study. Genetic instability of the genes or transgenes within a vaccine may lead to inconsistent expression of complementing gene products and altered cellular properties. Therefore, it is important to demonstrate consistent and stable gene copy numbers over the generation length of a production run. We have previously developed a digital PCR (dPCR) assay to monitor the stability of the UL5 and UL29 transgenes in a manufactured cell line (AV529) by comparison of transgene copy numbers in the master cell bank with their copy numbers in the extended cell bank. Our developed approach was able to count the number of UL5 and UL29 transgenes directly rather than relying on a reference standard or endogenous control, quantified the absolute numbers of target molecules and not the relative numbers. Our dPCR based approach was able to overcome some of the issues associated with conventional qPCR. Herein, we developed a digital PCR approach for the determination of the gene copy numbers in not only simple (amplified DNA fragments) but also complex matrices (genomic DNA in Mycoplasma arginine and a candidate HSV type II vaccine (HSV529)). The amount of gene copy numbers in Mycoplasma arginine and viral genomes per unit sample of HSV529 is also compared to other methods.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
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Résumé présentoui

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