Genetic susceptibility to allergic bronchopulmonary aspergillosis in asthma: a genetic association study
Notice bibliographique
Résumé
In patients with asthma, the fungus Aspergillus fumigatus can cause allergic bronchopulmonary aspergillosis (ABPA). Familial ABPA is reported, and some genetic factors have been associated with the disease, however, these are small studies (n ≤ 38) and do not explain all cases of ABPA. We analysed SNPs in 95 ABPA patients, comparing frequencies to 152 atopic asthmatic and 279 healthy controls. Twenty two genes were selected from literature, and 195 tagging SNPs were analysed for genetic association with ABPA using logistic regression corrected for multiple testing. We also analysed monocyte-derived macrophage gene expression before and during co-culture with A. fumigatus . Seventeen ABPA-associated SNPs (ABPA v Atopic asthma) were identified. Three remained significant after correction for multiple testing; IL13 rs20541, IL4R rs3024656, TLR3 rs1879026. We also identified minor differences in macrophage gene expression responses in the ABPA group compared to the control groups. Multiple SNPs are now associated with ABPA. Some are novel associations. These associations implicate cytokine pathways and receptors in the aberrant response to A. fumigatus and susceptibility to ABPA, providing insights into the pathogenesis of ABPA and/or its complications. We hope these results will lead to increased understanding and improved treatment and diagnostics for ABPA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».