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Enregistrement W2528063886 · doi:10.3389/fmicb.2016.01548

Genes Required for the Anti-fungal Activity of a Bacterial Endophyte Isolated from a Corn Landrace Grown Continuously by Subsistence Farmers Since 1000 BC

2016· article· en· W2528063886 sur OpenAlexafffund
Hanan R. Shehata, Cassandra L. Ettinger, Jonathan A. Eisen, Manish N. Raizada

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Microbiology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesAgricultural Adaptation Council
Mots-clésBiologyEndophyteCropPhyllosphereBiological pest controlSymbiosisHost (biology)FungicideSubsistence agricultureMutualism (biology)BotanyBiotechnologyBacteriaAgronomyEcologyAgricultureGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Endophytes are microbes that inhabit internal plant tissues without causing disease. Some endophytes are known to combat pathogens. The corn (maize) landrace Chapalote has been grown continuously by subsistence farmers in the Americas since 1000 BC, without the use of fungicides, and the crop remains highly valued by farmers, in part for its natural tolerance to pests. We hypothesized that the pathogen tolerance of Chapalote may, in part, be due to assistance from its endophytes. We previously identified a bacterial endophyte from Chapalote seeds, Burkholderia gladioli strain 3A12, for its ability to combat a diversity of crop pathogens, including Sclerotinia homoeocarpa, the most important fungal disease of creeping bentgrass, a relative of maize used here as a model system. Strain 3A12 represents a unique opportunity to understand the anti-fungal activities of an endophyte associated with a crop variety grown by subsistence farmers since ancient times. Here, microscopy combined with Tn5-mutagenesis demonstrates that the anti-fungal mode of action of 3A12 involves flagella-dependent swarming towards its pathogen target, attachment and biofilm-mediated microcolony formation. The mutant screen revealed that YajQ, a receptor for the secondary messenger c-di-GMP, is a critical signaling system that mediates this endophytic mobility-based defence for its host. Microbes from the traditional seeds of farmers may represent a new frontier in elucidating host-microbe mutualistic interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,170
Score d'incertitude au seuil0,319

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,202
Écart entre enseignants0,191 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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