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Enregistrement W2528250414 · doi:10.1073/pnas.1611073113

Bayesian model reveals latent atrophy factors with dissociable cognitive trajectories in Alzheimer’s disease

2016· article· en· W2528250414 sur OpenAlexfundno aff
Xiuming Zhang, Elizabeth C. Mormino, Nanbo Sun, Reisa A. Sperling, Mert R. Sabuncu, B.T. Thomas Yeo, Michael W. Weiner, Michael Weiner, Clifford R. Jack, John Q. Trojanowki, Laurel Beckett, Robert C. Green, Andrew J. Saykin, John C. Morris, Zaven S. Khachaturian, Greg Sorensen, Maria Carrillo, Lew Kuller, Marc Raichle, Steven M. Paul, Peter Davies, Howard Fillit, Franz Hefti, David M. Holtzman, M. Marcel Mesulam, William Z. Potter, Peter J. Snyder, Adam J. Schwartz, Tom Montine, Paul Aisen, Ronald G. Thomas, Michael Donohue, Sarah Walter, Devon Gessert, Tamie Sather, Gus Jiminez, Archana B. Balasubramanian, Jennifer Mason, Iris Sim, Danielle Harvey, Matt A. Bernstein, Nick C. Fox, Paul Thompson, Norbert Schuff, Charles DeCarli, Davis Bret Borowski, Jeff Gunter, Matthew L. Senjem, Prashanthi Vemuri, David Jones, Kejal Kantarci, Chad Ward, Robert A. Koeppe, Norm Foster, Eric M. Reiman, Kewei Chen, Susan Landau, Nigel J. Cairns, Erin Franklin, Lisa Taylor‐Reinwald, Virginia Lee, Magdalena Korecka, Michal Figurski, Karen Crawford, Scott Neu, Tatiana Foroud, Steven Potkin, Li Shen, Kelley Faber, Sungeun Kim, Kwangsik Nho, Lean Thal, Leon J. Thal, Neil Buckholtz, R.T. Frank, John Hsiao, Jeffrey Kaye, Joseph Quinn, Lisa C. Silbert, Betty Lind, Raina Carter, Sara Dolen, Lon S. Schneider, Sonia Pawluczyk, Mauricio Becerra, Liberty Teodoro, Bryan M. Spann, James Brewer, Helen Vanderswag, Judith L. Heidebrink, Joanne Lord, Sara S. Mason, Colleen S. Albers, David S. Knopman, Kris Johnson, Rachelle S. Doody, Javier Villanueva‐Meyer, Valory Pavlik, Victoria Shibley, Munir Chowdhury, Susan Rountree, Mimi Dang, Yaakov Stern, Lawrence S. Honig, Karen L. Bell, Beau M. Ances, Maria Carroll, Mary L. Creech, Mark A. Mintun, Stacy Schneider, Angela Oliver, Daniel Marson, David Geldmacher, Marissa Natelson Love, Randall Griffith, David A. Clark, John Brockington, Erik D. Roberson, Hillel Grossman, Effie Mitsis, Raj C. Shah, Leyla deToledo‐Morrell, Ranjan Duara, Maria T. Greig‐Custo, Warren Barker, Chiadi Onyike, Daniel D’Agostino, Stephanie Kielb, Martin Sadowski, Mohammed O. Sheikh, Anaztasia Ulysse, Mrunalini Gaikwad, P. Murali Doraiswamy, Jeffrey R. Petrella, Salvador Borges‐Neto, Terence Z. Wong, Edward Coleman, Steven E. Arnold, Jason H. Karlawish, David A. Wolk, Christopher Clark, Charles D. Smith, Gregory A. Jicha, Peter Hardy, Partha Sinha, Elizabeth Oates, Gary Conrad, Oscar L. López, MaryAnn Oakley, Donna M. Simpson, Anton P. Porsteinsson, Bonnie S. Goldstein, Kim Martin, Kelly M. Makino, M. Saleem Ismail, Connie Brand, Adrian Preda, Dana Nguyen, Kyle Womack, Dana Mathews, Mary Quiceno, Allan I. Levey, James J. Lah, Janet S. Cellar, Jeffrey M. Burns, Russell H. Swerdlow, William M. Brooks, Liana G. Apostolova, Kathleen Tingus, Ellen Woo, Daniel Silverman, Po H. Lu, George Bartzokis, Neill R. Graff‐Radford, Francine Parfitt, Kim Poki-Walker, Martin R. Farlow, Ann Marie Hake, Brandy R. Matthews, Jared R. Brosch, Scott Herring, Christopher H. van Dyck, Richard E. Carson, Martha G. MacAvoy, Pradeep Varma, Howard Chertkow, Howard Bergman, Chris Hosein, Sandra E. Black, Bojana Stefanovic, Curtis Caldwell, Ging‐Yuek Robin Hsiung, Benita Mudge, Vesna Sossi, Howard Feldman, Michele Assaly, Elizabeth Finger, Stephen Pasternack, Irina Rachisky, Dick Trost, Charles Bernick, Donna Munic, Marek-Marsel Mesulam, Emily Rogalskı, Kristine Lipowski, Sandra Weıntraub, Borna Bonakdarpour, Diana Kerwin, Chuang‐Kuo Wu, Nancy E. Johnson, Carl Sadowsky, Teresa Villena, Raymond Scott Turner, Kathleen Johnson, Brigid Reynolds, Keith A. Johnson, Gad A. Marshall, Jerome A. Yesavage, Joy L. Taylor, Barton Lane, Allyson Rosen, Jared Tinklenberg, Marwan N. Sabbagh, Christine M. Belden, Sandra A. Jacobson, Sherye A. Sirrel, Neil W. Kowall, Ronald Killiany, Andrew E. Budson, Alexander Norbash, Patricia Lynn Johnson, Thomas O. Obisesan, Saba Wolday, Joanne Allard, Alan J. Lerner, Paula Ogrocki, Curtis Tatsuoka, Parianne Fatica, Evan Fletcher, Pauline Maillard, John Olichney, Owen Carmichael, Smita Kittur, Michael Borrie, T‐Y Lee, Robert Bartha, Sterling C. Johnson, Sanjay Asthana, Cynthia M. Carlsson, Pierre N. Tariot, Anna Burke, Ann Marie Milliken, Nadira Trncic, Stephanie Reeder, Vernice Bates, Horacio Capote, Michelle Rainka, Douglas W. Scharre, Maria Kataki, Brendan Kelley, Earl A. Zimmerman, Dzintra Celmins, Alice D. Brown, Godfrey D. Pearlson, Karen Blank, Karen Anderson, Laura A. Flashman, Marc Seltzer, Mary L. Hynes, Robert B. Santulli, Kaycee M. Sink, Leslie Gordineer, Jeff D. Williamson, Pradeep Kumar Garg, Franklin Watkins, Brian R. Ott, Geoffrey Tremont, Lori A. Daiello, Stephen Salloway, Paul Malloy, Stephen Correia, Howard J. Rosen, Bruce L. Miller, David C. Perry, Jacobo Mintzer, Kenneth Spicer, David Bachman, Stephen Pasternak, Irina Rachinsky, John Rogers, Dick Drost, Nunzio Pomara, Raymundo Hernando, Antero Sarrael, Susan K. Schultz, Karen Ekstam Smith, Hristina Koleva, Ki Won Nam, Hyungsub Shim, Norman Relkin, Gloria Chiang, Michael Lin, Lisa Ravdin, Amanda Smith, Balebail Ashok Raj, Kristin Fargher

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDementia and Cognitive Impairment Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingNational Medical Research CouncilNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchAthinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging, Massachusetts General HospitalUniversity of California, San DiegoGenentechNational Institutes of HealthIXICOH. Lundbeck A/SServierEisaiMinistry of Education - SingaporeNational University of SingaporeCentre d'Imagerie BioMédicalePfizerBiogenMinistry of Education, IndiaBioClinicaNational Center for Research ResourcesF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaNorthern California Institute for Research and EducationMassachusetts General HospitalNovartis Pharmaceuticals CorporationU.S. Department of DefenseEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbMedical Research CouncilMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's AssociationFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésAtrophyDementiaDiseasePsychologyCognitionPopulationExecutive dysfunctionNeuroscienceMedicinePathologyNeuropsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We used a data-driven Bayesian model to automatically identify distinct latent factors of overlapping atrophy patterns from voxelwise structural MRIs of late-onset Alzheimer's disease (AD) dementia patients. Our approach estimated the extent to which multiple distinct atrophy patterns were expressed within each participant rather than assuming that each participant expressed a single atrophy factor. The model revealed a temporal atrophy factor (medial temporal cortex, hippocampus, and amygdala), a subcortical atrophy factor (striatum, thalamus, and cerebellum), and a cortical atrophy factor (frontal, parietal, lateral temporal, and lateral occipital cortices). To explore the influence of each factor in early AD, atrophy factor compositions were inferred in beta-amyloid-positive (Aβ+) mild cognitively impaired (MCI) and cognitively normal (CN) participants. All three factors were associated with memory decline across the entire clinical spectrum, whereas the cortical factor was associated with executive function decline in Aβ+ MCI participants and AD dementia patients. Direct comparison between factors revealed that the temporal factor showed the strongest association with memory, whereas the cortical factor showed the strongest association with executive function. The subcortical factor was associated with the slowest decline for both memory and executive function compared with temporal and cortical factors. These results suggest that distinct patterns of atrophy influence decline across different cognitive domains. Quantification of this heterogeneity may enable the computation of individual-level predictions relevant for disease monitoring and customized therapies. Factor compositions of participants and code used in this article are publicly available for future research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,017
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil0,053

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,017
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,283 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations190
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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