Molecular Characterization of Toxic Cyanobacteria in North American and East African Lakes
Notice bibliographique
Résumé
Toxic cyanobacterial blooms constitute a threat to the safety and ecological quality of aquatic environments worldwide. Cyclic hepatotoxin, especially microcystin, is the most widely occurring of the cyanotoxins. The aim of this study was to identify the cyanobacterial genotypes present including how many toxic genotypes were present in two North American lakes and one African Lake. All three lakes are prone to cyanobacterial blooms and were sampled in 2005 and 2006: Lake Ontario (Bay of Quinte, Canada), Lake Erie (Maumee Bay, Canada) and Lake Victoria (Nyanza Gulf, Kenya). The cyanobacterial genotypic community was assessed using DNA based analyses of the hypervariable V3 region of the 16S rRNA gene. In addition, the aminotransferase (AMT) domain in modules mcyE and ndaF of the microcystin and nodularin gene cluster respectively was used to detect the presence of hepatotoxic genotypes. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) results from this study suggested that hepatotoxin producers were present in all study sites sampled and were most likely members of the genus Microcystis. This study was the first to report the potential for microcystin production in the in-shore and off-shore open lake of Nyanza Gulf in Kenya. A seasonal study of the Bay of Quinte and Maumee Bay showed differences in the cyanobacterial genotypic community from early to late summer. In addition, the cyanobacterial genotypic community from the Bay of Quinte differed from 2005 to 2006 and quantification of the North American samples revealed an increase in cyanobacterial cells from early to late summer. The Bay of Quinte saw relatively no change in hepatotoxic cells from early to late summer but in Maumee Bay hepatotoxic cells increased from undetectable in early summer to dominating the cyanobacterial community by late summer. This study demonstrated the use of DGGE and qPCR of the 16S rRNA-V3 and AMT gene region in monitoring the cyanobacterial community of waterbodies susceptible to toxic cyanobacterial blooms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».