Structural and functional analysis of de‐<i>N</i>‐acetylase PgaB from periodontopathogen <i>Aggregatibacter actinomycetemcomitans</i>
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The oral pathogen Aggregatibacter actinomycetemcomitans uses pga gene locus for the production of an exopolysaccharide made up of a linear homopolymer of β-1,6-N-acetyl-d-glucosamine (PGA). An enzyme encoded by the pgaB of the pga operon in A. actinomycetemcomitans is a de-N-acetylase, which is used to alter the PGA. The full length enzyme (AaPgaB) and the N-terminal catalytic domain (residues 25-290, AaPgaBN) from A. actinomycetemcomitans were cloned, expressed and purified. The enzymatic activities of the AaPgaB enzymes were determined using 7-acetoxycoumarin-3-carboxylic acid as the substrate. The AaPgaB enzymes displayed significantly lower de-N-acetylase activity compared with the activity of the deacetylase PdaA from Bacillus subtilis, a member of the CE4 family of enzymes. To delineate the differences in the activity and the active site architecture, the structure of AaPgaBN was determined. The AaPgaBN structure has two metal ions in the active site instead of one found in other CE4 enzymes. Based on the crystal structure comparisons among the various CE4 enzymes, two residues, Q51 and R271, were identified in AaPgaB, which could potentially affect the enzyme activity. Of the two mutants generated, Q51E and R271K, the variant Q51E showed enhanced activity compared with AaPgaB, validating the requirement that an activating aspartate residue in the active site is essential for higher activity. In summary, our study provides the first structural evidence for a di-nuclear metal site at the active site of a member of the CE4 family of enzymes, evidence that AaPgaBN is catalytically active and that mutant Q51E exhibits higher de-N-acetylase activity.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle