Relative quantification of protein expression in metastatic renal cell carcinoma using iTRAQ LC-MS/MS analysis reveals galectin-1 as a potential prognostic marker and therapeutic target.
Notice bibliographique
Résumé
412 Background: Metastatic renal cell carcinoma (RCC) is one of the most treatment-resistant cancers. Identification of proteins involved in tumor progression will help gain a better understanding of the disease and will form the basis for the identification of novel therapeutic targets. Methods: Using six fresh-frozen primary and six unmatched metastatic RCC tumors, we used iTRAQ labeling and LC-MS/MS analysis to identify proteins differentially expressed in metastatic versus primary RCC. We verified protein expression by western blot and immunohistochemical analyses and the measured the effect of dysregulated protein expression on biological processes with RCC cell line models. Results: After analysis, we identified 29 proteins differentially expressed in metastatic versus primary RCC. We verified expressions of profilin-1, 14-3-3 zeta/delta, and galectin-1 (Gal-1) on two independent tissue sets by western blot (10 primary and 10 metastatic RCC tissues) and immunohistochemistry (22 primary and 23 metastatic tissues). Overexpression of Gal-1 in CAKI-1 cells lead to decreased actin, increased vimentin expression, and increased cellular migration. Additionally, when Gal-1 was decreased via siRNA, cells showed decreased cellular migration. Protein array analysis showed expression of cell motility-related proteins HSP27, JNK, and RSK, were altered after siRNA transfection. We also showed that Gal-1 expression was increased in response to HIF-1alpha. Furthermore, we analyzed the expression of Gal-1 mRNA in 404 RCC patients using the Cancer Genome Anatomy Project, and found that patients who had higher Gal-1 expression in the primary RCC had significantly decreased overall survival (41 vs. 78 months; p < 0.01). Conclusions: Gal-1 is increased in metastatic RCC and can effect cell migration by targeting proteins involved in cell motility. This may be a downstream effect of HIF-1α dysregulation. Decreased Gal-1 significantly decreased cellular migration suggesting Gal-1 may serve as a potential therapeutic target. Additionally, we showed that increased Gal-1 expression was associated with decreased overall survival.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».