Notice bibliographique
Résumé
Background: Urinary tract infections (UTI) are among the most common bacterial infections in the United States.The gold standard for diagnosis is urine culture.This provides bacteria identification and sensitivity, but is labor intensive and time-consuming.As such, many UTIs are treated empirically contributing to resistance and cost.There is an urgent need for a diagnostic tool that can rapidly identify uropathogens and their sensitivities.We present the development of a PCR-based assay for Enterobacter cloacae, and evidence for its further use in the context of NanoLantern™ technology.The NanoLantern™ is a chip sensor that utilizes DNA hairpins immobilized onto a gold surface.In the presence of complementary (target) DNA, the hairpin stem is opened, exposing a quantifiable fluorophore.Methods: A synthetic DNA hairpin, unique to Enterobacter cloacae, was immobilized onto 9 gold coated chips.Baseline fluorescence intensity was recorded.The chip was exposed to synthetic target and then imaged with a fluorescence microscope.Fluorescence intensity was recorded and compared to baseline.PCR, asymmetric PCR and linear after the exponential PCR were used to amplify the target DNA from the bacteria.The amplicon was exposed to the NanoLantern™ chip and fluorescence intensity was quantified.Results: Pre-synthetic target fluorescence imaging of 9 chips exposed to synthetic DNA resulted in a mean raw count of 665 (SD ± 244).Postsynthetic target fluorescence imaging of 9 chips resulted in a mean raw count of 8197 (SD ± 648), a greater than 12-fold increase in intensity.See Fig. 1.Conclusions: We have demonstrated the feasibility of a novel DNA hairpin probe.Work is ongoing to develop a PCR assay and to begin testing the NanoLantern™ chip with bacteria derived amplicon and urine samples.Ultimately, these integrated assays will provide rapid analysis, as part of an automated system, to be used in the clinical setting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,576 | 0,390 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».