PS2 - 167 CIC Deficiency is Associated with Dysregulation of Genes Involved in Cell Adhesion and Developmental Processes
Notice bibliographique
Résumé
Somatic mutations in the Capicua (CIC) gene were first identified in Type I low-grade gliomas (LGGs), which are characterized by 1p/19q co-deletions and IDH mutations. They are found at frequencies of ~50-70% in this glioma subtype, and have since been identified in ~40% of stomach adenocarcinomas (STADs) of the microsatellite instability (MSI) subtype; however, the role of these somatic mutations in malignancy has yet to be established. In Drosophila, CIC functions as a transcriptional repressor whose activity is inhibited upon activation of the mitogen-activated protein kinase (MAPK) signalling pathway. Though mammalian CIC appears to retain these functions, only three of its target genes have been established in human cells: ETV1, ETV4, and ETV5 (ETV1/4/5). To further probe CIC’s transcriptional network, we developed CIC knockout cell lines and performed transcriptomic and proteiomic analyses in these and in control cell lines expressing wild type CIC, identifying a total of 582 differentially expressed genes. We also used RNA-seq data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) for Type I LGGs and STADs to perform additional differential expression analyses between CIC-deficient and CIC-expressing samples. Though gene-level overlap was limited between the three contexts, we found that CIC appears to regulate the expression of genes involved in cell-cell adhesion, metabolism, and developmental processes in all three contexts. These results shed light on the pathological role of CIC mutations and may help explain why these have been associated with poorer outcome within Type I LGGs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».