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Enregistrement W2533591848 · doi:10.1017/cjn.2016.377

PS2 - 205 Application of Computer-Assisted Diagnostics for Immunohistochemistry Analysis of Gliomas

2016· article· en· W2533591848 sur OpenAlexaffvenue
Amir Alamsahebpour, Gelareh Zadeh, Ken Aldape

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Neurological Sciences / Journal Canadien des Sciences Neurologiques · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGrading (engineering)Computer scienceImmunohistochemistryDigital image analysisPathologyReproducibilityIdentification (biology)Computational biologyMedicineBiologyComputer vision

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In the current practice of pathology, the identification of cell markers and their respective distribution represents an indispensable dialogue for diagnostic, predictive, therapeutic, and research purposes. Early immunohistochemical protocols were limited to direct, fluorescent labeled antibodies, yielding quick results but lacking sensitivity. More recently, the use of indirect techniques –utilization of enzyme labels–and various detection systems have continued to advance the complexity of IHC, increasing both its specificity and sensitivity of detecting one or multiple antigen(s) (Ag) simultaneously. As such, IHC has become an affordable, powerful, and readily available means for the identification of candidate biomarkers (mostly lineage markers) in formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue samples. Pathologists are now asked to “quantify” expression levels of differential prognostic markers–at microscopic level–using this arguably “non-quantitative” technique. Conventionally, histological grading relies mainly on manual counting of positively immunostained cells, a labour intensive protocol that may be associated with subjectivity, intra- and inter- observer variation and reproducibility issues. The subjectivity and lack of reproducibility has prompted the use of computer-assisted or fully automated image analysis technologies. Digital image acquisition systems are becoming commonplace and as such, the demand for complex assessments of digital images of histological slides must be matched with quantitative platforms. In this study, we aim to introduce a computer-assisted image-computing platform that is both accurate and efficient in quantification of isolated and heterogeneous candidate biomarkers in glioblastoma.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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