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Enregistrement W2534242753 · doi:10.1139/gen-2016-0058

Mitochondrial genome of the sweet potato hornworm, <i>Agrius convolvuli</i> (Lepidoptera: Sphingidae), and comparison with other Lepidoptera species

2016· article· en· W2534242753 sur OpenAlexvenueno aff
Li‐Shang Dai, Sheng Li, Huimin Yu, Lei Wang, Cen Qian, Cong-Fen Zhang, Jun Li, Yu Sun, Yue Zhao, Baojian Zhu, Chao-Liang Liu

Notice bibliographique

RevueGenome · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLepidoptera: Biology and Taxonomy
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesSpecialized Research Fund for the Doctoral Program of Higher Education of ChinaNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésBiologyStart codonSphingidaeStop codonMitochondrial DNALepidoptera genitaliaGeneticsTransfer RNAGeneManduca sextaBotanyNucleotideRNAInsect

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In the present study, we sequenced the complete mitochondrial genome (mitogenome) of Agrius convolvuli (Lepidoptera: Sphingidae) and compared it with previously sequenced mitogenomes of lepidopteran species. The mitogenome was a circular molecule, 15 349 base pairs (bp) long, containing 37 genes. The order and orientation of genes in the A. convolvuli mitogenome were similar to those in sequenced mitogenomes of other lepidopterans. All 13 protein-coding genes (PCGs) were initiated by ATN codons, except for the cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1) gene, which seemed to be initiated by the codon CGA, as observed in other lepidopterans. Three of the 13 PCGs had the incomplete termination codon T, while the remainder terminated with TAA. Additionally, the codon distributions of the 13 PCGs revealed that Asn, Ile, Leu2, Lys, Phe, and Tyr were the most frequently used codon families. All transfer RNAs were folded into the expected cloverleaf structure except for tRNA Ser (AGN), which lacked a stable dihydrouridine arm. The length of the adenine (A) + thymine (T)-rich region was 331 bp. This region included the motif ATAGA followed by a 19-bp poly-T stretch and a microsatellite-like (TA) 8 element next to the motif ATTTA. Phylogenetic analyses (maximum likelihood and Bayesian methods) showed that A. convolvuli belongs to the family Sphingidae.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,905
Score d'incertitude au seuil0,714

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,207
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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