P2‐173: Mutation Analysis of the <i>MS4A</i> and <i>TREM</i> Gene‐Clusters in a Case‐Control Alzheimer's Disease Dataset
Notice bibliographique
Résumé
Genetic studies identified an association between Alzheimer's disease (AD) and common polymorphisms in the MS4A and TREM loci, each containing cluster of homologous genes. We searched for rare coding variants in 15 genes mapped to these loci by next generation sequencing of a North American dataset (210 cases and 233 controls). Analysis of the MS4A gene-cluster revealed loss-of-function variants in 6 controls and 3 cases. Investigation of the TREM gene-cluster detected known AD associated TREM2 substitutions (p.R47H, p.D87N and p.H157Y) affecting both TREM2 isoforms (NM_018965 and NM_001271821). We also identified two cases with novel TREM2 variants (p.L205P and p.G219C), which mapped only to the isoform NM_001271821. A p.S248R substitution in the homologous TREML2 gene was detected in 5 controls and 1 case suggesting a protective effect (pooled p-value = 0.033). Our study advocates for the importance of mutation analysis of controls, particularly for GWAS loci containing SNPs with a minor allele frequency higher in controls versus cases (e.g. MS4A locus), to search for functional variants with a protective effect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».