P3‐076: Time‐Resolved Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry Provides a Detailed Picture of the Conformational Bias Shift that Drives TAU Pathogenesis
Notice bibliographique
Résumé
The conventional tools of structural biology are largely ineffective at defining the 'structural biases' that drive function and pathogenesis in intrinsically disordered proteins (IDPs). In the case of Alzheimer's, this has left a substantial gap in our understanding of the earliest events in Tau and Aβ pathogenesis. We have developed a novel approach called Time-Resolved ElectroSpray Ionization mass spectrometry with Hydrogen Deuterium eXchange (TRESI-HDX), that provides a detailed picture of the conformational biases that underlie aggregation in IDPs. In the current study, we use TRESI-HDX to define the conformational bias shifts that accompany GSK3β-mediated hyperphosphorylation and subsequent fibrillization of Tau. Full-length Tau protein (hTau40) was produced from E. coli and purified using heating and cation exchange. Hyperphosphorylation was achieved by 30hr incubation of tau with GSK3β / ATP. 'Native' (unphosphorylated) and 'hyperphosphorylated' tau were then subjected to analysis by TRESI-HDX, which is implemented on a microfluidic chip. Protein was mixed 1:3 with D2O for labeling times between 50 ms and 2000 ms, followed immediately by exchange quenching (pH 2.4) and digestion using pepsin. Deuterium uptake on each peptide was analyzed using in-house software. Globally, native Tau adopts a globular 'paperclip-like' fold with significant protection from exchange at the N and C termini. Both hexapaptide motifs are in low-exchanging regions indicating that they are generally sequestered from solvent in the native ensemble. Upon hyperphosphorylation, Tau adopts an 'extended' configuration with generally higher uptake, particularly at the N and C termini. Hexapeptide II becomes much more exposed upon hyperphosphorylation, while hexapeptide I remains buried. There is also a new nucleus of structure in the microtubule-binding region. These conformational bias changes were visualized using TRESI-HDX papramaterized computer modeling based on the low computational complexity FRODAN algorithm.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».