Multiple Pairwise Analysis of Non-homologous Centromere Coupling Reveals Preferential Chromosome Size-Dependent Interactions and a Role for Bouquet Formation in Establishing the Interaction Pattern
Notice bibliographique
Résumé
During meiosis, chromosomes undergo a homology search in order to locate their homolog to form stable pairs and exchange genetic material. Early in prophase, chromosomes associate in mostly non-homologous pairs, tethered only at their centromeres. This phenomenon, conserved through higher eukaryotes, is termed centromere coupling in budding yeast. Both initiation of recombination and the presence of homologs are dispensable for centromere coupling (occurring in spo11 mutants and haploids induced to undergo meiosis) but the presence of the synaptonemal complex (SC) protein Zip1 is required. The nature and mechanism of coupling have yet to be elucidated. Here we present the first pairwise analysis of centromere coupling in an effort to uncover underlying rules that may exist within these non-homologous interactions. We designed a novel chromosome conformation capture (3C)-based assay to detect all possible interactions between non-homologous yeast centromeres during early meiosis. Using this variant of 3C-qPCR, we found a size-dependent interaction pattern, in which chromosomes assort preferentially with chromosomes of similar sizes, in haploid and diploid spo11 cells, but not in a coupling-defective mutant (spo11 zip1 haploid and diploid yeast). This pattern is also observed in wild-type diploids early in meiosis but disappears as meiosis progresses and homologous chromosomes pair. We found no evidence to support the notion that ancestral centromere homology plays a role in pattern establishment in S. cerevisiae post-genome duplication. Moreover, we found a role for the meiotic bouquet in establishing the size dependence of centromere coupling, as abolishing bouquet (using the bouquet-defective spo11 ndj1 mutant) reduces it. Coupling in spo11 ndj1 rather follows telomere clustering preferences. We propose that a chromosome size preference for centromere coupling helps establish efficient homolog recognition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».