Chromatin changes in<i>SMARCAL1</i>deficiency: A hypothesis for the gene expression alterations of Schimke immuno-osseous dysplasia
Notice bibliographique
Résumé
Mutations in SMARCAL1, which encodes a DNA annealing helicase with roles in DNA replication fork restart, DNA repair, and gene expression modulation, cause Schimke immuno-osseous dysplasia (SIOD), an autosomal recessive disease characterized by skeletal dysplasia, renal disease, T-cell immunodeficiency, and arteriosclerosis. The clinical features of SIOD arise from pathological changes in gene expression; however, the underlying mechanism for these gene expression alterations remains unclear. We hypothesized that changes of the epigenome alter gene expression in SIOD. To test this, we performed a genetic screen for interaction between Marcal1, the Drosophila melanogaster ortholog of SMARCAL1, and the genes of the trithorax group (trxG) and Polycomb group (PcG), which encode epigenetic regulators. SMARCAL1 and Marcal1 genetically interacted with trxG and PcG members. A homozygous null mutation of Marcal1 suppressed the wing-to-haltere transformation, ectopic Ultrabithorax (Ubx) expression, and ectopic Ubx minigene expression caused by PcG deficiency. The suppression of ectopic Ubx expression correlated with reduced chromatin accessibility of the Ubx promoter. To our knowledge, this is the first in vivo evidence for deficiency of a SMARCAL1 ortholog altering the chromatin structure of a gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».