Evolution of Enzyme Superfamilies: Comprehensive Exploration of Sequence–Function Relationships
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The sequence and functional diversity of enzyme superfamilies have expanded through billions of years of evolution from a common ancestor. Understanding how protein sequence and functional "space" have expanded, at both the evolutionary and molecular level, is central to biochemistry, molecular biology, and evolutionary biology. Integrative approaches that examine protein sequence, structure, and function have begun to provide comprehensive views of the functional diversity and evolutionary relationships within enzyme superfamilies. In this review, we outline the recent advances in our understanding of enzyme evolution and superfamily functional diversity. We describe the tools that have been used to comprehensively analyze sequence relationships and to characterize sequence and function relationships. We also highlight recent large-scale experimental approaches that systematically determine the activity profiles across enzyme superfamilies. We identify several intriguing insights from this recent body of work. First, promiscuous activities are prevalent among extant enzymes. Second, many divergent proteins retain "function connectivity" via enzyme promiscuity, which can be used to probe the evolutionary potential and history of enzyme superfamilies. Finally, we discuss open questions regarding the intricacies of enzyme divergence, as well as potential research directions that will deepen our understanding of enzyme superfamily evolution.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle