Quantitative trait variation is revealed in a novel hypomethylated population of woodland strawberry (Fragaria vesca)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Phenotypic variation is determined by a combination of genotype, environment and their interactions. The realization that allelic diversity can be both genetic and epigenetic allows the environmental component to be further separated. Partitioning phenotypic variation observed among inbred lines with an altered epigenome can allow the epigenetic component controlling quantitative traits to be estimated. To assess the contribution of epialleles on phenotypic variation and determine the fidelity with which epialleles are inherited, we have developed a novel hypomethylated population of strawberry (2n = 2x = 14) using 5-azacytidine from which individuals with altered phenotypes can be identified, selected and characterized. RESULTS: The hypomethylated population was generated using an inbred strawberry population in the F. vesca ssp. vesca accession Hawaii 4. Analysis of whole genome sequence data from control and hypomethylated lines indicate that 5-azacytidine exposure does not increase SNP above background levels. The populations contained only Hawaii 4 alleles, removing introgression of alternate F. vesca alleles as a potential source of variation. Although genome sequencing and genetic marker data are unable to rule out 5-azacytidine induced chromosomal rearrangements as a potential source of the trait variation observed, none were detected in our survey. Quantitative trait variation focusing on flowering time and rosette diameter was scored in control and treated populations where expanded levels of variation were observed among the hypomethylated lines. Methylation sensitive molecular markers indicated that 5-azacytidine induced alterations in DNA methylation patterns and inheritance of methylation patterns were confirmed by bisulfite sequencing of targeted regions. It is possible that methylation polymorphisms might underlie or have induced genetic changes underlying the observable differences in quantitative phenotypes. CONCLUSIONS: This population developed in a uniform genetic background provides a resource for the discovery of new variation controlling quantitative traits. Genome sequence analysis indicates that 5-azacytidine did not induce point mutations and the induced variation is largely restricted to DNA methylation. Using this resource, we have identified new variation and demonstrated the inheritance of both variant trait and methylation patterns. Although direct associations remain to be determined, these data suggest epigenetic variation might be subject to selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».