0472 Characterization of bovine nasopharyngeal lactic acid bacteria and their in vitro antimicrobial activities against the respiratory pathogen Mannheimia haemolytica
Notice bibliographique
Résumé
Most research on bacteria in the bovine nasopharynx has focused on pathogens implicated in respiratory disease. There is limited information on commensals, such as lactic acid bacteria (LAB), which are important to mucosal health and have been investigated as probiotics to inhibit pathogens. The purpose of this study was to characterize the bovine nasopharyngeal LAB and their in vitro antimicrobial activities against Mannheimia haemolytica. The diversity of nasopharyngeal LAB was investigated in two separate studies using DNA– or culture-based techniques. In the first study, nasopharyngeal samples were collected from calves (n = 14) on a farm before shipment to a feedlot (d 0), and then 2, 7, and 14 d after feedlot placement. Swabs were processed for DNA extraction and the 16S rRNA gene was PCR-amplified and sequenced using the MiSeq platform. In the second study, nasopharyngeal swabs were collected from calves (n = 70) sampled at feedlot entry and 60 d afterward. The swabs were processed for the isolation of LAB using selective media. A subset of LAB (n = 66) was identified by sequencing the full-length 16S rRNA gene and isolates were subsequently screened for inhibition of M. haemolytica using the agar slab method. From the first study, high–throughput sequencing showed that the total LAB (defined as the order Lactobacillales) constituted 4.2% of the nasopharyngeal bacterial microbiota and consisted of 23 genera. Within LAB, 6 different families were identified that included Streptococcaceae (49.2%), Carnobacteriaceae (23.9%), Aerococcaceae (16.0%), Enterococcaceae (5.6%), Lactobacillaceae (5.3%), and Leuconostocaceae (0.26%). The relative abundance of total LAB increased by 97% from d 0 to 2 and remained greater for the 14 d of feedlot placement, compared with d 0 (P < 0.05). Interestingly, however, the Lactobacillaceae family decreased (P < 0.05) from d 0 to 2, demonstrating that not all Lactobacillales members increased after feedlot arrival. Using culture–based methods, only 6 genera of LAB were isolated: Streptococcus (39.2%), Lactobacillus (37.1%), Enterococcus (10.3%), Aerococcus (9.3%), Corynebacterium (3.1%), and Pediococcus (1.0%). Among the screened LAB isolates, species within Lactobacillus exhibited the strongest inhibition against M. haemolytica, with zones of inhibition ranging between 16 and 23 mm. Our results show that the relative abundance of nasopharyngeal LAB can change after cattle are transported to a feedlot and that some LAB are able to inhibit the respiratory pathogen M. haemolytica. These LAB may have potential as nasal probiotics for the mitigation of bovine respiratory pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».