0359 Understanding the genetic archticture of Hays Converter Cattle
Notice bibliographique
Résumé
The Hays Converter (HC) was the first Canadian breed to be recognized in terms of the Canadian Livestock Pedigree Act and combines the genetics of the Hereford, Holstein and Brown Swiss breeds. Although, the improvement program has continued there is now a risk to its sustainability. The objective of this study is to utilize genomic tools to assess genetic diversity and inbreeding within the HC population. Historical samples for 265, 238, and 208 animals born between 1973 and 2015 have been genotyped for 19K (19,792 SNPs,), 6K (6829 SNPs) and Illumina BovineSNP50 (50K, 49,100 SNPs), respectively. A total of 49,100 SNPs across 29 autosomes that passed all quality control criteria were considered for imputation of the target populations with 19k (7496 SNPs) and with 6k (6253 SNPs) using FImpute. The actual and imputed genotypes were filtered for 702 animals and 41,734 SNPs across 29 autosomes passed quality control. Using only actual 50K genotypes of 208 animals, the genetic structure of the HC population was assessed in conjunction with individuals genotyped for Illumina BovineSNP50 from Angus (AN, n = 486), Hereford (HE, n = 591) and Holstein (HO, n = 32) breeds using principal component analysis (PCA). The genomic inbreeding coefficients for individuals within HC were estimated using pedigree information and 4 genomic methods. The genetic distances between animals within each population were calculated based on their genomic profile using Prevosti Distance. Although, the PCA indicated that the HC breed is genetically divergent from Holstein, Hereford and Angus, it was more closely related to Holstein cattle than the other breeds. Genomic inbreeding coefficients using imputed or actual genotypes indicated that the HC is inbred over years, particularly from 1993 till 2005. Thus, this indicates a smaller effective population size for the HC population at that time. The result from genetic distance and phylogeny of the HC population indicated existence of sub populations within the HC. In conclusion, the study showed an increase of inbreeding within HC breeds so that managing inbreeding and maximizing diversity is required to avoid inbreeding depression. The observed diversity will influence HC design for future mate allocation using genomic information.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».