Antibody-Free Detection and Quantitation of TDP-43 by Mass Spectrometry (P5.179)
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To develop a clinical-grade antibody-free mass spectrometric (MS) method to identify and quantitate TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) isoforms in human cerebrospinal fluid (CSF) in order to explore the relationship with disease pathogenesis. BACKGROUND: There is evidence that TDP-43, its hyper-phosphorylated, ubiquitinated and cleaved forms lead to protein mislocalization and aggregation, contributing to frontotemporal dementia and Alzheimer’s disease pathogenesis. It has been difficult to assess the potential of TDP-43 as an in vivo prognostic and diagnostic biomarker of neurodegeneration as characterization of TDP-43 in biofluids has been largely accomplished via qualitative and semi-quantitative immunometric assays. METHODS: We have designed a quantitative multiple reaction monitoring (MRM) assay for detection and quantitation of human TDP-43 isoforms in CSF. We have developed MRM transitions for measuring TDP-43 and its C-terminal fragment TDP-25, through targeted selection of tryptic peptides with optimized declustering potentials and collision energies. In order to achieve the desired assay sensitivity without the use of an immunoprecipitation step, we evaluated various protein digestion conditions (denaturants, digestion buffers and trypsin type) to optimize signal intensity. RESULTS: The MRM method can detect endogenous TDP-43 from a human CSF pool diluted to 0.002 g/L total protein (reference range < 0.5 g/L) at a signal-to-noise > 5. The assay response is linear up to 3 g/L of total CSF protein. TDP-25 can be detected in the high salt fraction of strong cation exchange chromatography. CONCLUSIONS: We have designed a digestion protocol and MRM assay that is capable of detection of TDP-43 and TDP-25 from CSF without an immuno-enrichment step. We are currently developing the quantitation strategy, including an external calibration curve and isotopically-labelled internal standards. Analytical and clinical performance of our assay will be assessed using specimens from the biobank of the University of British Columbia, Clinic for Alzheimer’s Disease and Related Disorders.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».